Sesuai dengan Pedoman Penyelenggaraan Perpustakaan Masjid Indonesia, maka Struktur Perpustakaan Masjid diatur sebagai berikut :

1. Perpustakaan Masjid Pemula ( minimal memiliki koleksi 1000 judul/eks )
Ketua Ta’mir Masjid
Kepala Perpustakaan
Petugas Layanan
2. Perpustakaan Masjid Madya ( minimal memiliki koleksi 2000 judul/eks )
Ketua Ta’mir Masjid
Kepala Perpustakaan
Petugas Teknis
Petugas Layanan
3. Perpustakaan Masjid Utama ( minimal memiliki koleksi 2000 judul/eks )
Ketua Ta’mir Masjid
Kepala Perpustakaan
Tata Usaha
Petugas Teknis
Petugas Layanan